Líder incontestado da Resistência Timorense desde 1978, Xanana tornou-se também, desde essa altura, num alvo a abater. À semelhança do que acontecera antes, as autoridades indonésias consideravam que o fim da resistência e do seu poder passava pelo fim das FALINTIL. E o fim das FALINTIL passaria obrigatoriamente pelo "fim" do seu líder, Xanana Gusmão.

A sua captura era o objectivo principal da Indonésia. Para o cumprir, milhares de soldados foram enviados para Timor-Leste. No terreno contavam com a ajuda de alguns timorenses pró-integracionistas.

Finalmente, no dia 20 de Novembro de 1992, Xanana foi capturado. A notícia caiu como uma bomba, quer no seio do povo timorense, quer junto de alguns sectores da comunidade internacional, que após o Massacre de Santa Cruz, em 1991, tinham voltado as atenções para Timor-Leste. Pouco depois da sua captura, as autoridades indonésias fizeram chegar às televisões portuguesas e australianas uma gravação em vídeo de uma "conversa informal", forjada, entre Xanana e Abílio Osório. Nela o líder histórico timorense renegava as suas actividades na resistência.

Tanto este episódio como todo o julgamento foram seguidos com toda a atenção pela comunidade internacional, nomeadamente Portugal. Foi talvez esta atenção e talvez mesmo, alguma pressão internacional que fez com que Suharto comutasse a primeira sentença, de prisão perpétua para vinte anos de prisão. Terá também esta pressão contribuído para a transferência de Xanana, para a casa-prisão de Salemba, ainda em Jacarta, depois de 6 anos na prisão de Cipinang. É daí que continua, como sempre, a dirigir as actividades da Resistência Timorense.