Os grupos integracionistas foram a maior ameaça à estabilidade em Timor-Leste. Embora não constituam uma novidade no território, os militares indonésios há muito que recorrem ao armamento de civis para "timorizar" o conflito. Estas milícias tornaram-se mais visíveis a partir do momento em que Jacarta abriu a possibilidade de uma independência a curto prazo.

Foi em 1975, na 1ª localidade de Balibó, que os invasores indonésios hastearam a bandeira vermelha e branca. Balibó é o emblema dos integracionistas. Foi nesse mesmo sítio no dia 19 de Fevereiro de 1999, que dirigentes e elementos de várias milícias realizaram uma importante concentração anti-independentista.

Entre as milícias destacam-se a que foi formada por Câncio Carvalho, funcionário público, filho de um liurai (chefe tradicional) de Cassa-Ainaro e informador da polícia secreta indonésia. Ele lidera a milícia Mahidi (Mati Hidup Demi Integrasi), que significa "Vida e a Morte pela Integração". Esta milícia encontra-se particularmente activa na zona de Ainaro, a sul de Díli. Foi no dia 25 de Janeiro, em Zumalai, região de Ainaro, que a milícia Mahidi cometeu a mais violenta das suas acções. Incendiaram casas na aldeia de Nagidar, assassinaram uma mulher grávida e depois de a terem morto, abriram-lhe o abdómen com uma faca e retiraram o feto expondo-o à população. Após a vitória da independência este milícia destacou-se pela crueldade dos actos que continuou a praticar.

Eurico Guterres, lidera a milícia Besih Merah Putih (Ferro Vermelho e Branco), que se encontra na zona de Liquiçá. Esta milícia foi responsabilizada pelo o massacre de Liquiçá, que ocorreu nos dias 4, 5 e 6 de Abril de 1999, de onde se verificaram 56 mortos, segundo uma organização dos direitos humanos. Contou também com o apoio explícito de efectivos militares indonésios e de uma unidade da brigada móvel (BRIMOB) da polícia.

Abílio Osório Soares, governador de Timor-Leste, nomeado pela Indonésia, é um dos mais notórios advogados das milícias pró-integracionistas. Para ele as milícias são organizações de autodefesa, formadas por cidadãos que temem represálias por parte dos sectores independentistas, muito embora em estretia cooperação como exército indonésio.

Os Kopassus, ou seja os "Bóinas Vermelhas" das forças especiais estiveram na origem da criação da temida Gadapaksi, uma milícia montada pelo general Prabowo que se exilou na Jordânia, após a queda do regime de Suharto de quem é genro.

Os grupos de civis armados estão enquadrados na lei de defesa Indonésia aprovada em 1982, mas apesar dessa possibilidade legal, não foram criadas na generalidade do território indonésio até Janeiro, quando o general Wiranto ordenou o recrutamento de civis para assegurar a ordem durante o período que antecede as eleições gerais marcadas para 7 de Junho. Em Timor-Leste, o armamento de civis precede a própria lei de 82. Logo após a invasão, Jacarta criou milícias com o objectivo de "timorizar" o conflito no território.

SGI, é a sigla que identifica os serviços secretos indonésios e que tem sido cada vez mais ligada às milícias. Xanana responsabilizou directamente as SGI pelo o armamento de civis em Timor, dando a entender que o apoio aos bandos integracionistas prossegue contra as instruções do coronel Suratman, responsável pelo efectivo militar. A circunstância de algumas milícias terem à frente homens notoriamente ligados aos serviços secretos dá consistência à ligação entre as duas coisas.

Vermelho e Branco, as cores da bandeira indonésia, dão o nome à milícia "Mera Putih", também conhecida como "Pana". Liderado por Graciano Felipe, este grupo está sediado em Liquiçá e tem o apoio do chefe de distrito local, Leoneto Martins, um membro honorário das "Kopassus". A violência das milícias provocou o êxodo de centenas de naturais da zona de Liquiçá que fugiram para a cidade de Díli. Esta milícia contou com o apoio do batalhão territorial 143.

A 17 de Abril de 1999, mais uma vez, as milícias atacam, a mandado de Eurico Guterres, desta vez é a cidade de Díli. O objectivo primordial deste ataque estava na base de matar todos os dirigentes, entre eles constavam nomes como Leandro Isacc e Manuel Carrascalão.

Nesse ataque, muitas casas foram queimadas e destruídas. A casa de Manuel Carrascalão, foi toda ela destruída, nela se encontravam cerca de 130 refugiados, 13 deles foram mortos e muitos daqueles que não conseguiram fugir foram gravemente feridos.

De entre os mortos, conta o filho de Manuel Carrascalão, "Manelito" Carrascalão que foi brutalmente assassinado. O alvo pretendido era o seu pai, mas as milícias tinham que deixar a sua marca e mataram-no sem qualquer receio e a todos aqueles que se encontravam no caminho seu caminho. Este foi o resultado de um ataque que veio dar uma grande volta nas negociações entre Portugal e a Indonésia. Desta forma, depois dos dois países terem assinado, em Abril de 99 (em Nova York ) um acordo que visa a intervenção imediata das Nações Unidas em Timor-Leste, as milícias Pró-Indonésia vêm-se agora obrigadas a depor as suas armas. Porém, tal nunca chegou a acontecer e as milícias são as grandes responsáveis pelo genocídio do povo timorense!