Depois do período conturbado que se seguiu à captura, o julgamento de Xanana Gusmão foi polémico e mediático. Esse contacto com os media fez com que algumas organizações de juristas nacionais e internacionais oferecessem ao líder timorense os seus serviços. Foi o caso da Fundação Indonésia de Apoio Jurídico, em resposta ao apelo feito por familiares de Xanana. O líder, no entanto, recusou a oferta. Por outro lado autoridades de Jacarta recusaram que a defesa fosse feita por qualquer jurista estrangeiro, argumentando que a legislação não o permitia. Foi nomeado como defensor oficioso Sudjono, um advogado indonésio de Dili que defendera um ano antes Agapito Cardoso.

A 13 de Janeiro de 1993 o julgamento começa em Dili. As acusações são de Separatismo, conspiração contra o estado indonésio e posse ilegal de armas. Até ao seu final, no dia 21 de Maio poucos foram os acontecimentos que mudaram a rotina do julgamento nos tribunais indonésios de Dili. Poucos mas não banais. No início de Fevereiro, o defensor oficioso Sudjono questionava a competência do tribunal de Dili para efectuar o julgamento. Por um lado a FRETILIN já existia quando a Indonésia anexou Timor-Leste; por outro, os guerrilheiros da Resistência nunca terão reconhecido a jurisdição do tribunal de Díli. Apesar da questão ser, no mínimo embaraçosa, o julgamento continuou dias depois, com a audição de testemunhas. Xanana ouviu-as com aparente apatia. Aceitou todas as responsabilidades que lhe são impostas, confirmando a posse de armas. Mas a esperança é a última a morrer e reacendeu-se no fim do julgamento.

Xanana já havia pedido antes aos jornalistas que esperassem até ao fim do julgamento. E para muitos terá bem valido a pena. O líder da Resistência timorense insistiu em fazer a sua própria defesa, dispensando os serviços do seu advogado. Reaparece o resistente, o líder, que se apresentou como "comandante das FALINTIL, as Forças Armadas de Libertação Nacional de Timor-Leste." Foi interrompido pelo juiz, mas conseguiu enviar uma cópia a sua defesa para o exterior. O juiz Hieronymus Godang condenou-o a prisão perpétua numa prisão de delito comum. Depois da leitura da sentença houve quem o ouvisse murmurar "Viva Timor-Leste" antes de desaparecer por trás dos guardas.