A Igreja Católica sempre foi um dos principais suportes psicológico do povo timorense. Além do apoio espiritual, a igreja em Timor oferece também algum conforto e segurança, sendo um refúgio nas horas mais terríveis da invasão indonésia. Esta importância da Igreja no território foi sempre reconhecida por Xanana Gusmão: "A Igreja católica tem sido o suporte moral do nosso povo na sua resistência à vil ocupação indonésia." Por outro lado, alguns membros da igreja católica timorense nunca negaram o apoio à causa da resistência, havendo mesmo quem os acuse de colaboração com a "guerrilha".

Estas acusações atacam principalmente D. Ximenes Belo, Bispo de Dili, o rosto da igreja católica em Timor. As suas tendências anti-Indonésia são de conhecimento público, sendo o Bispo apelidado muitas vezes de Xanana Gusmão do Paço Episcopal. De todas as maneiras, os esforços de D. Ximenes Belo para a resolução do problema de Timor-Leste são reconhecidos mundialmente, valendo-lhe em 1996 o Prémio Nobel da Paz.

Todos reconhecem também a importância da Igreja Católica a nível internacional, apesar de o Vaticano, na figura do Papa João Paulo II; nunca demonstrar apoiar a causa do povo de , nem tão pouco os seus Bispos. Naturalmente as ligações mais fortes são com a Igreja portuguesa, onde esta podia ter um papel mais activo. Ainda de acordo com Xanana e outras individualidades, à excepção dos Bispos de Setúbal e de Aveiro, a Igreja portuguesa nunca apoiou a Igreja timorense, moral ou materialmente. Em Julho de 1998, numa entrevista ao Diário de Notícias, o líder dizia: "A Indonésia é essencialmente muçulmana. Receio que para salvar dois milhões de católicos na Indonésia, o Vaticano nos entregue como mais uma província. Não é que não acredite na justiça de Deus, mas é um problema da vontade dos homens."