Dos períodos obscuros que se seguiram à captura do líder histórico da Resistência Timorense pouco se sabe. De qualquer forma, é certo que, depois de julgado e condenado Xanana fez um protesto sob a forma de greve de fome. O objectivo era conseguir transferência da prisão de delito comum em que se encontrava para a prisão de Cipinang, onde estavam os presos políticos da Indonésia, o que acabou por conseguir.

Há também notícias de que ele teria feito outra greve de fome em Novembro de 1993. No entanto, os seus carcereiros tê-lo-iam obrigado a comer. Manteve então um protesto de greve de silêncio.