O ano de 1998 trouxe muitas mudanças no panorama político da Indonésia,. principalmente pelo facto do ditador Suharto ter caído do poder. Este facto, juntamente com a crescente atenção da comunidade internacional e empenho de Portugal, foram factores que levaram a uma maior abertura da Indonésia, se não para com a independência de Timor-Leste, pelo menos para com a libertação do líder histórico da resistência timorense. Assim, numa primeira fase, propõem uma amnistia total. O líder só aceita uma libertação sem condições. Qualquer coisa menos seria aceitar as condições e fundamentos do seu julgamento.

O mais significativo passo no sentido dessa libertação sem condições chegou já no ano de 1999, sob patrocínio da ONU. As autoridades indonésias concordaram em tirar Xanana de Cipinang e mudá-lo para uma "extensão" da cadeia de Bandung, que na prática não é mais do que uma casa prisão. Em Fevereiro de 1999 o Ministério da Justiça Indonésio começa a preparar duas casas. Uma em Jacarta, perto de Cipinang, outra em Bandung, a cerca de 150 km da capital. O líder timorense faz saber que quer dispor de um escritório equipado com telefone e fax, e computador e exige privacidade, autonomia e liberdade absoluta nos contactos com o exterior. É o próprio Xanana quem diz preferir mudar-se para Bandung como meio de reduzir a atenção dos media. No dia 10 de Fevereiro de 1999, é transferido para a casa prisão de Salemba, no número 47 da Rua Percetaken Negara III em Jacarta Central. Encontrava-se, na prática, num regime de prisão de prisão domiciliária, apesar de o Governo Indonésio não o admitir. Embora dispusesse de maior privacidade, Xanana continuava impedido de falar com exterior (o seu telefone só recebia chamadas e as suas visitas continuam a ser filtradas pelas autoridades. Nas seis assoalhadas da casa viviam também, quatro guardas prisionais armados e no exterior haverá sempre um destacamento da polícia. O primeiro telefonema que Xanana recebeu foi do Presidente Jorge Sampaio.

Na casa-prisão Xanana desdobrou-se em audiências e almoços com personalidades mundiais e nacionais, com as quais debate a situação de Timor-Leste. Entre estas destaca-se Ana Gomes, chefe da Secção de Interesses de Portugal na Indonésia, situada na embaixada da Holanda. Xanana sai da casa prisão no dia 6 de Setembro de 1999.