Alvo privilegiado das autoridades indonésias desde 1978, altura em que se tornou comandante das FALINTIL, Xanana passou os anos que se seguiram refugiado nas montanhas com os seus companheiros. Ano após ano, Jacarta enviou milhares de efectivos para o território Timorense, com vista à captura do líder histórico da resistência. Só em Junho de 1990, uma das últimas investidas antes da captura de Xanana, 40 000 tropas foram para Timor-Leste. No terreno foram apoiados por 6000 timorenses. Todas as tentativas falharam até 1992.

Os acontecimentos que envolveram o Massacre de Santa Cruz, em Dili, obrigaram o líder a ir mais vezes às povoações. Em Fevereiro de 1992 os militares indonésios estacionados em Timor anunciavam que Xanana estava doente e que a rendição se aproximava. Dias depois era a vez da UDT prestar declarações. Em Sydney, João Carrascalão confirma a doença de Xanana mas nega qualquer ideia de rendição.

Finalmente a 20 de Novembro de 1992 Xanana foi capturado. Um informador anónimo avisou a polícia indonésia da sua presença na casa da mãe de Abílio Araújo. Não tardou muito para que um grupo de 21 soldados invadisse a residência e capturasse o líder timorense. Com ele foi apreendido material contendo informações sobre membros da resistência , identificados pelos nomes próprios e localidades a que pertenciam. Esta apreensão foi uma verdadeira "machadada" na estrutura da resistência, que se viu obrigada a contar com apoios e voluntariado.

Outra "machadada", desta vez psicológica, atingiu os apoiantes da resistência timorense quando as autoridades indonésias divulgaram o vídeo da conversa informal entre Xanana e Abílio Osório. Nessa conversa o líder timorense renegava todas as suas crenças ideológicas e pedia desculpa às autoridades pelo que tinha feito. As reacções não se fizeram esperar. Apoiantes dentro e fora do território manifestaram o seu espanto e indignação com uma conversa manifestamente conduzida sob efeito de coacção:

"Ele fala de maneira diferente daquela que eu conheço." – D. Ximenes Belo

"Foi o corolário de torturas inimagináveis e aplicação de produtos químicos no corpo do líder de Timor." – Ramos Horta.